長崎県は、日宇川水系河川整備計画を策定した。計画期間はおおむね30年間、対象区間は河口から２級河川区間の上流端までの約５.５㎞。主に河口から約２㎞の区間において、堤防かさ上げ、護岸、河床掘削等の整備を実施する。また、堤防・護岸の点検補修や、樋門等の河川管理施設の維持に努める。