長崎県は、農山漁村地域整備交付金実施要綱に基づき、「長崎県漁港漁村地域（本土）整備計画」と「同（離島）整備計画」を明らかにした。計画期間は29年度から33年度までの５年間。本土整備計画が30事業で、計画期間内の事業費が合計59億１３５９万円、離島整備計画が19事業、合計34億３０３７万円。主な事業として水産物供給基盤整備事業（対馬市）や海岸保全施設整備事業（佐世保市）がある。